台南作為明鄭首府，有著豐富的人文傳承及歷史底蘊，然而在新世紀的國際挑戰之下，傳統必須與現代的整合，才能創造嶄新的價值，從台灣的國家整體發展來說，在面對新世紀的國家發展挑戰之時，對南北間原本資源分配不均的差距進行翻轉，取得區域均衡發展，更是無法避免的當務之急。基於這樣的背景，本校於2006年成立行政管理學系，期望能在立足於台南地區悠久的文化發展歷史縱深的基礎上，再造兼具傳統深度人文與現代行政管理之治理模式，進一步透過大學教育、學術發展以及公共服務，協助南台灣能在激烈的國際競爭下，透過「善治」創造發展的利基。
本系以發展出公、私、第三部門全方位行政管理的治理模式為宗旨，訂定以「行政管理」為核心，輔以「組織與人力資源發展」、「公私協力」與「地區發展」三項主軸，做為系所發展規劃基礎。以其作為教師課程開授、學術研究、產官學研究諮詢合作之發展方向。
首先，在教育培訓方面，本系落實三項主軸的教育，培育國家與地區所需行政管理專業經理人才。其次，在學術研究方面，亦將加強國內外公共行政與公共事務管理系所再此三大主軸下的學術合作與交流。最後，在產官學的研究諮詢方面，本系將提供南台灣公、私及第三部門在此三大主軸下的實務專業諮詢的服務。
教育學生專業學識，並具備獨立判斷及明辨是非之能力，以養成其深厚邏輯思考力，強化對政策議題的批判性思考能
力，進而有發掘問題、判斷與解決 問題能力。
提供學生提升就業力，且足以適應全球化及社會需求之優質教育內容，並教育學生了解行政管理人才於社會、環境、
倫理方面之角色及責任。
在宏觀導向的「地方發展」、「公私協力」與 「組織發展」三項主軸上，藉由組織管理、公私決策，以及地區發展
與行銷學群及基礎學群學習不同專業 領域的系統性知識，培育全方位之管理人才。
教育學生具備寬廣之專業知識同時，也實施專業與敬業並重的「全人」教育方式培育獨立進取、敬業樂群、具人文關
懷的人才。
本系針對系所發展之「組織與人力資源發展」、「公私協力」與「地區發展」三大發展方向，設計出「組織管理」、「公私決策」與「地區發展與行銷」等三大學群之課程設計。透過基礎課程與三大學群課程之學習，學生未來不論在公、私或第三部門組織，都能擁有適應地區環境變遷、精準進行決策分析以及進行有效系統管理的行政管理能力。
除此之外，本系透過各種多元的教育方式以增加學生三大學群的吸收效果，除在學期中不定期邀請實務界人士到校演講外，透過畢業專業實習、撰寫畢業論文、每年多次的公私部門參訪等方式，兼顧理論與實務的結合。在課程方面，除頻繁透過小組討論外，模擬會議、政策管理議題辯論、實務角色扮演、政策及企業提案競賽，亦均為本系教學特色。
最後，本系亦輔導學生投入高普考試、研究所考試、英文檢定能力之讀書會，亦積極輔導學生參與大專生國科會論文研究計畫的申請，並推動學生人力資源管理相關證照認證。
本系以發展出公、私、第三部門全方位行政管理的治理模式為宗旨，訂定以「行政管理」為核心，輔以「組織與人力
資源發展」、「公私協力」與「地 區發展」三項發展方向，做為系所發展規劃基礎。
本系落實三項主軸的教育，培育國家與地區所需行政管理專業人才。
將加強國內外公共行政與公共事務管理系所在此三大主軸下的學術合作與交流。
本系將提供南台灣公、私及第三部門，在此三大主軸下的實務專業諮詢服務。
同學畢業後可選擇與本系相關的研究所進行深造，包括公共行政與政策研究所、公共事務研究所、政治學研究所、經
濟學研究所、法律學研究所、企業 管理研究所、人力資源管理研究所、勞工研究所、行銷管理研究所等。
同學畢業後可參加與本科系相關領域之國家考試，例如：高考及普通考試、地方特考、調查局特考、國安局特考、或
者公營機構考試，未來成為相關公 部門或國營企業的優秀管理者與實務工作者。
由於本系所學能力統整公、私及第三部門行政管理需求，因此亦能任職於民間私人及社會企業，成為企劃管理、行銷
管理或人力資源方面的管理者。
除了參加國家考試任公職外，對公共事務感興趣的同學亦可擔任民意代表或國會助理、行政秘書、兩岸與外交事務、
政治公關公司、民調公司、國小教 師、非營利事業管理人員，與民間研究機關研究人員等相關工作。
本系將植基於深厚的人文底蘊，注入現代化的治理觀念，持續發展地區發展、公私協力、組織管理等三大發展方向，整合校內外不同專業領域研究者，除能積極投入地方各項發展，協助南台灣地方政府進行有效的地區治理以外，亦能將地區發展經驗與國際間最新的治理理論接軌，使地區化與國際化相互激盪，融合出兼具傳統與現代的發展願景。